Després de cada pacient sempre i en tot moment s’efectua una desinfecció de l’ambient i de tot l’equip (butaca, llum, mànegues, turbines, taules …) amb productes destinats a aquesta funció. Hi ha gran part de material que és d’un sol ús i es rebutja després d’atendre cada pacient.

L’instrumental reutilitzable passa per diversos processos de desinfecció abans de sotmetre’ls a esterilització, primer es renten per suprimir qualsevol resta orgànica que pogués contenir i després es desinfecten introduint-los en una cubeta amb un desinfectant químic durant deu minuts. Passat aquest temps s’aclareix i seca, per introduir-los en bosses d’esterilització segellades. Finalment, l’instrumental s’introdueix en l’autoclau que a través d’unes condicions de pressió a vapor i altes temperatures elimina qualsevol microorganisme que hagués pogut quedar fins al moment.

Així mateix, l’autoclau també se sotmet a controls periòdics per comprovar que el procés d’esterilització és absolut. Es realitza mitjançant Indicadors biològics que consisteixen en un tub d’assaig que conté un preparat d’espores de bacteris altament resistents a l’mètode d’esterilització que després d’haver estat sotmesos a el procés d’esterilització, són incubats. Després de el temps d’incubació, els indicadors biològics s’observen. Si no hi ha canvis en l’aparença de el líquid es valida el procés d’esterilització.