Tras cada paciente siempre y en todo momento se efectúa una desinfección del ambiente y de todo el equipo (sillón, lámpara, mangueras, turbinas, mesas…) con productos destinados a esta función. Hay gran parte de material que es de un solo empleo y se desecha tras atender a cada paciente.

El instrumental reutilizable pasa por varios procesos de desinfección antes de someterlos a esterilización, primero se lavan para suprimir cualquier resto orgánico que pudiese contener y después se desinfectan introduciéndolos en una cubeta con un desinfectante químico durante diez minutos. Pasado este tiempo se aclara y seca, para introducirlos en bolsas de esterilización selladas. Por último, el instrumental se introduce en el autoclave que a través de unas condiciones de presión a vapor y altas temperaturas elimina cualquier microorganismo que hubiese podido quedar hasta el momento.

Así mismo, el autoclave también se somete a controles periódicos para comprobar que el proceso de esterilización es absoluto. Se realiza mediante Indicadores biológicos que consisten en un tubo de ensayo que contiene un preparado de esporas de bacterias altamente resistentes al método de esterilización que después de haber sido sometidos al proceso de esterilización, son incubados. Después del tiempo de incubación, los indicadores biológicos se observan. Si no hay cambios en la apariencia del líquido se valida el proceso de esterilización.